Ο ΠΑΣ Γιάννινα ιδρύθηκε το καλοκαίρι του 1966, έπειτα απο συγχώνευση δυο τοπικών ομάδων των Ιωαννίνων, του Ατρόμητος Ιωαννίνων και του Αβέρωφ.
Το όνομα ΠΑΣ (Πανηπειρωτικός Αθλητικός Σύλλογος) ΓΙΑΝΝΙΝΑ δόθηκε αφού είχαν απορριφθεί διάφορα άλλα μεταξύ των οποίων και το όνομα "Δωδώνη".
Πρώτος Πρόεδρος της νέας ομάδας ήταν ο Περικλής Γιαννής ενώ η πρώτη εμφάνιση της ομάδας ήταν σε φιλική αναμέτρηση εναντίον του Ολυμπιακού Πειραιώς, λόγω της μεταγραφής του Γιώργου Σιόντη. Αποτέλεσμα εκείνου του αγώνα 2-0 για τον ΟΣΦΠ με 2 γκολ του Γιώργου Κούδα.
Την περίοδο 1966-67 συμμετέχει στο πρωτάθλημα "Αβέρωφ". Το 1971 αναλαμβάνει προπονητής ο Γκομέζ Ντε Φαρία και έρχονται από την Αργεντινή οι ελληνοποιημένοι Εδουάρδος Κοντογιώργακης (Ριγκάνι), Αλφρέδος Γκλασμάνης (Γκλάσμαν), Χοσέ Παστερνάκης (Πάστερνακ), Εδουάρδος Λίσα, Χουάν Μοντέζ και Όσκαρ Αλβαρέζ.Οι συγκεκριμένοι ποδοσφαιριστές επικαλούνται ελληνική καταγωγή και υπηρετούν στον Ελληνικό Στρατό επί υπουργού Ευάγγελου Αβέρωφ.
Την περίοδο 1973-74 ο ΠΑΣ Γιάννινα κατακτά το πρωτάθλημα στον πρώτο από τους τρεις ομίλους που υπήρχαν στην Β κατηγορία και ανεβαίνει για πρώτη φορά στην Α' Εθνική. Την πρώτη του χρονιά στην πρώτη τη τάξι κατηγορία τερματίζει στην 9η θέση. Το 1976, φτάνει στην 5η θέση,ξεπερνώντας βαθμολογικά παραδοσιακές δυνάμεις του ελληνικού ποδοσφαίρου όπως ο Αρης,ο Εθνικός και ο Ηρακλής ενώ την ίδια χρονιά αγωνίζεται και στο Βαλκανικό Κύπελλο.
Δύο χρόνια αργότερα ο "Αγιαξ της Ηπείρου" τερματίζει και πάλι πέμπτος, πίσω από τους τρεις του κέντρου και τον ΠΑΟΚ ενώ ανακηρύσσεται πρώτη επαρχιακή ομάδα το 1979-80.